Anime bisa dikatakan mirip dengan kartun, tapi gayanya yang berbeda. Karakter-karakter dalam anime kebanyakan mempunyai mata yang besar, kecuali karakter yang sudah dewasa, mempunyai mata yang sedikit kecil.
Cerita dimulai ketika tokoh utama Yoshimori Sumimura yang berumur 9 tahun yang biasa saja. Tetapi dia sebenarnya pewaris generasi ke-22 dari para Kekkaishi. Kekkaishi adalah orang-orang yang bisa menciptakan kekkai atau pelindung berbentuk persegi, dan mengurung serta menghancurkan siluman yang terperangkap di dalamnya. Setiap malam, Yoshimori mencari dan membinasakan siluman ditemani anjing hantu bernama Madarao. Selain keluarga Sumimura, adapula keluarga Yukimura yang juga kekkaishi. Hubungan mereka kurang begitu baik.